De kerkenraad geeft leiding aan het leven en werken van de gemeente (KO art VI).
De NKiD bestaat uit kernen en wijkgemeenten, die elk hun eigen raad hebben, de zogeheten kernraden (KR) en wijkkerkenraden (WKR). De algemene kerkenraad (AK) is de ambtelijke vergadering voor het geheel van de NKiD, daarin bijgestaan door het College van Kerkrentmeesters en het College van Diakenen en eventuele door hem te benoemen commissies.
De kernraden, kerkenraden, colleges en commissies kunnen beslissingen nemen, als op de vergadering minstens de helft der leden aanwezig is en de leden met de in acht te nemen termijnen over de agenda van de vergadering hebben kunnen beschikken.
In alle gevallen waarin deze regeling niet voorziet, beslissen de vergaderingen met eenvoudige meerderheid van stemmen.
Wijzigingen in deze regeling kunnen worden aangebracht, indien de AK met eenvoudige meerderheid van stemmen van de aanwezige leden besluit. De kernraden, kerkenraden, colleges en commissies zullen slechts na gemeenschappelijk overleg en zoveel mogelijk met eenparigheid van stemmen besluiten nemen. Blijkt dit niet mogelijk, dan voegt de minderheid zich naar de meerderheid van de aanwezige leden (tenminste de helft plus één). Bij staking (gelijkheid) van stemmen wordt de beslissing verdaagd naar de volgende vergadering, tenzij een zaak een onmiddellijk besluit vereist. Staken de stemmen dan opnieuw, wordt het voorstel geacht te zijn verworpen.
Over zaken wordt mondeling, over personen wordt schriftelijk gestemd.
De ambtsperiode van alle ambtsdragers (uitgezonderd de predikanten) is 4 jaren. Herverkiezing is éénmaal mogelijk. De ambtsperiode dient zo bepaald te worden, dat niet alle leden gelijktijdig aftreden.
Elke kernraad, kerkenraad en commissie en elk college zal bedacht dienen te zijn op het wel en wee van de gehele gemeente en zal derhalve niet tot besluiten komen, die de eenheid in gevaar brengen.
De WKR kunnen via het moderamen van de AK zaken, die zij van algemeen belang achten, op de agenda van de AK plaatsen.